Programın amacı, mekanik, elektronik, bilgisayar ve kontrol mühendisliği disiplinlerinin entegrasyonunu gerektiren mekatronik sistemler alanında derinlemesine bilgi ve araştırma yetkinliği kazandırmaktır. Program, öğrencilere sistem tasarımı, modelleme, analiz ve uygulama becerileri kazandırarak, karmaşık mühendislik problemlerine disiplinlerarası yaklaşımlarla çözüm üretebilme yeteneği sağlar. Teorik bilgi ile uygulamalı araştırma yöntemlerini birleştiren program yapısı, öğrencilerin bağımsız araştırma yapabilme, yenilikçi teknolojiler geliştirebilme ve bilimsel yöntemlerle elde ettikleri sonuçları değerlendirebilme kapasitelerini geliştirir. Program, hem akademik araştırma kariyeri hem de endüstriyel Ar-Ge faaliyetleri için gerekli yetkinlikleri kazandırır. Mekatronik Mühendisliği Yüksek Lisans Programı‘ndan mezun olan öğrenciler Yüksek Lisans Derecesi‘ne sahip olurlar.